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取绒毛和抽羊水亲子鉴定最大的区别是取样的时间和费用不同。绒毛是在怀孕11-14周内可以取样的，抽羊水要到怀孕16周以后。取绒毛相对抽羊水来说要早，对于孕妇来说可以早知道结果，早做决定。鉴定费用方面，取绒毛的费用比抽羊水费用高，所以总的鉴定费用也会高一些。下面再来谈一下可靠性，也即是大家常说的准确性。
客户会经常问到一个问题：胎儿亲子鉴定可不可以就父子两人鉴定？胎儿亲子鉴定为什么需要母亲也鉴定呢？光父子两人鉴定费用不是会更低吗？要回答这个问题，首先就要讲一讲为什么需要母亲样本参与鉴定。正如很多人怀疑胎儿亲子鉴定准确性一样，我觉得他们主要是怀疑孕妇肚子里面的绒毛和羊水怎么就能检测出胎儿的DNA。绒毛是胎盘组织外层一些丝状物质，绒毛和胎盘是一体的，而胎盘上最终会发育胎儿，所以绒毛本身和胎儿是同一来源，其DNA就是一样的。而羊水，则是羊膜内部胎儿的生活环境，其中会有很多胎儿皮肤，组织和新陈代谢产物，这些组织和产物来自胎儿，其DNA当然也和胎儿是一样的。所以怀疑绒毛和羊水是不是胎儿DNA，有没有用之类的想法是完全多余和不必要的，绒毛和羊水中就是含有大量的胎儿DNA。再回到开始的问题，绒毛和羊水是经孕妇小腹穿刺，从孕妇腹内取出来的，那取到的绒毛或羊水里面肯定会有孕妇自身的组织，血液等，也就是说绒毛和羊水里面会含有极少量的孕妇DNA，所以为了保证鉴定结果的准确性，一定要加入母亲样本进行检测，然后和胎儿DNA进行比对，以确认从绒毛或是羊水中提取到的DNA是真正的胎儿DNA，而不是孕妇自己的DNA，从而排除出错的可能性，提高了胎儿亲子鉴定的准确率。那既然三个人的DNA都没有问题了，胎儿亲子鉴定的准确率就其实就是双亲鉴定的准确率了，一般16位点单亲准确率一般可达到99.999%，那双亲呢？一般可达到99.9999%，比单亲鉴定高一个数量级。所以胎儿亲子鉴定，其实质就是双亲亲子鉴定，只是胎儿样本比较特殊而已。
接下来再来说说安全性的问题。
胎儿亲子鉴定安全性是客户问得最多的问题。取绒毛或抽羊水对胎儿有没有影响啊?对孕妇有没有影响啊？是取绒毛安全还是抽羊水安全啊？我可以很肯定的告诉你：以现在的医学水平，只要是在国家正规三甲医院，有常规开展绒毛和羊水穿刺筛查的产前科的医院，都是安全的。其实相比之下，绒毛穿刺是最安全的，因为该穿刺是对胎盘进行穿刺而不是胎儿，穿刺针不进入胎儿生活的环境---羊膜腔。所以，对胎儿基本没有影响。但与平时打屁股针一样同样是存在感染的风险。感染就会导致流产。这种发生率对一个技术熟练的医生大概是0。1%-0。5%。
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